Súčasnosť
Obec leží v severnej časti Ľubovnianskej vrchoviny, 17 km na severovýchod od okresného mesta Stará Ľubovňa. Priemerná nadmorská výška Malého Lipníka je 440 m n. m. Najnižšie položeným miestom je dolina rieky Poprad. Najvyšším miestom obce je vrch Sliboň – 789 m n. m.. Obec sa rozprestiera medzi 20° 47´- 20° 49´ severnej geografickej šírky a 49° 19´- 49° 22´ východnej geografickej dĺžky, na hranici s Poľskou republikou. Prirodzenú hranicu tvorí stred koryta rieky Poprad, čo je zároveň severná hranica chotára obce Malý Lipník. Z východnej strany obec susedí s obcou Starina, z južnej strany s obcou Údol, zo západnej strany s obcou Matysová. Severozápadným susedom je obec Sulín.
Povrch obce je kotlinový pahorkatinný až vrchovinný. Obec je zalesnená na východnom a západnom okraji prevažne ihličnatým, miestami aj listnatým lesom. Nachádzajú sa tu aj zmiešané lesy s výskytom borovice, smreku, jedle, brezy a liesky. Na zelených lúkach rastú mnohé liečivé byliny. V lesoch prevláda živočíšstvo ihličnatých a zmiešaných lesov. Z prírodných daností, malebnosti a pokoja tejto lokality vychádza aj cestovný ruch. Obcou prechádza niekoľko turistických trás, sú tu dobré podmienky pre splav po rieke Poprad, rybárčenie, turistiku a cykloturistiku. V katastrálnom území obce sa nachádza aj známa Chatová osada Verlišky s viac ako 80 chatami a turistická ubytovňa v blízkosti futbalového ihriska.